Il y a dix-neuf ans, une épidémie de contamination par un champignon parasite a tué la majorité de la population mondiale. Dans l'une des zones de quarantaine encore épargnées, Ellie, treize ans, commence une nouvelle vie en tant qu'élève d'un internat militaire. Une amitié naîtra avec une autre camarade, Riley, et les emmènera vers leur première incursion dans le monde extérieur. Au delà des murs dressés par l'ordre civil et ses lois, Ellie et Riley sont rapidement confrontées à la violence d'un groupe d'insurgés, les Lucioles, et des monstres victimes de l'infection.